Package: hisat2 (2.2.1-2 and others)

[ Source: hisat2  ]

Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

HISAT2 er et hurtigt og sensitivt sammenligningsprogram for oversættelse af sekvenslæsning i næste generation (både DNA og RNA) til en population af genomer fra mennesker (samt mod et enkelt referencegenom). Baseret på en udvidelse af BWT for grafer blev et graf FM-indeks designet og implementeret. Udover at bruge et globalt GFM-indeks, som repræsenterer en population af genomer for mennesker, så bruger HISAT2 et stort sæt af små GFM-indeks, som kollektivt dækker hele genomet (hvert indeks repræsenterer et genomområde på 56 Kbp, med 55.000 indeks krævet for at dække menneskepopulationen). Disse små indeks (kaldt lokale indeks), kombineret med flere sammenligningsstrategier muliggør hurtig og præcis sammenligning af sekvenslæsninger. Dette nye indeksskema kaldes et Hierarchical Graph FM-indeks (HGFM).

Other Packages Related to hisat2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• rec: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• rec: python3-hisat2

  Pythonskripter der følger med hisat2

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download hisat2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.2.1-2+b3	3,567.0 kB	14,122.0 kB	[list of files]
arm64	2.2.1-2+b3	3,377.4 kB	12,742.0 kB	[list of files]
armel	2.2.1-2+b3	3,282.8 kB	12,932.0 kB	[list of files]
armhf	2.2.1-2+b3	3,252.9 kB	11,466.0 kB	[list of files]
i386	2.2.1-2+b3	3,453.8 kB	14,658.0 kB	[list of files]
mips64el	2.2.1-2+b3	3,400.5 kB	13,934.0 kB	[list of files]
mipsel	2.2.1-2+b3	3,560.9 kB	14,227.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.2.1-2+b3	3,547.7 kB	13,802.0 kB	[list of files]
s390x	2.2.1-2+b3	3,142.9 kB	13,400.0 kB	[list of files]