Package: clonalframe (1.2-10 and others)

[ Source: clonalframe  ]

Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata

ClonalFrame identificerer de klonale relationer mellem medlemmer i en prøve, mens programmet også estimerer den kromosome position for begivenheder fra homolog rekombination, som har forstyrret den klonale arv.

ClonalFrame kan anvendes på alle slags sekvensdata, fra et enkelt fragment af DNA til hele arvemasser. Programmet er velegnet for analyse af MLST-data, hvor 7 genfragmenter er bleve sekventeret, men bliver progressivt mere funktionsrig efterhånden som de sekventerede regioner øges i længde og antal op til hele arvemasser. Dog kræver det at sekvenserne er justeret. Hvis du har arvemassedata som ikke er justeret, så anbefales det at bruge Mauve, som laver justering af hele bakterielle arvemasser med præcis det format som kræves for analyse med ClonalFrame.

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• sug: clonalframeml

  Effektiv følgeslutning for rekombination i hele bakterielle genomer

Download clonalframe

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.2-10+b1	49.4 kB	136.0 kB	[list of files]
arm64	1.2-10+b1	44.6 kB	120.0 kB	[list of files]
armel	1.2-10+b1	42.7 kB	115.0 kB	[list of files]
armhf	1.2-10+b1	41.5 kB	87.0 kB	[list of files]
i386	1.2-10+b1	52.8 kB	131.0 kB	[list of files]
mips64el	1.2-10+b1	54.1 kB	164.0 kB	[list of files]
mipsel	1.2-10+b1	53.0 kB	150.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.2-10+b1	53.2 kB	152.0 kB	[list of files]
s390x	1.2-10+b1	47.0 kB	136.0 kB	[list of files]