Package: chip-seq (1.5.5-3)

[ Source: chip-seq  ]

Værktøjer der udfører gængse ChIP-Seq-dataanalyseopgaver

ChIP-Seq-programmet tilbyder et sæt af værktøjer, der udfører gængse genom-brede ChIP-seq-analyseopgaver, inklusive positionskorrelationsanalyse, højderegistrering og genompartitionering til signalrige og signalfattige regioner. Disse værktøjer findes som enkeltstående C-programmer og udfører følgende opgaver:

 1. Positionskorrelationsanalyse og oprettelse af et aggregeringsplot
    (AP) (chipcor)
 2. Ekstraktion af specifikke genomkommenteringsfunktioner omkring
    referenceankerpunkter (chipextract)
 3. Læs centrering eller skift (chipcenter)
 4. Smalt højdekald ved hjælp af en fast bredde-højdestørrelse (chippeak)
 5. Bredt højdekald brugt til store berigelsesregioner (chippart)
 6. Funktion til valg af funktioner baseret på en tærskel for læst antal
    (chipscore)

Fordi ChIP-Seq-værktøjerne primært er optimeret til hastighed, bruger de deres eget kompakte format til ChIP-seq-datarepræsentation kaldet SGA (Forenklet genomkommentar). SGA er et linjeorienteret, tabulatorafgrænset almindeligt tekstformat.

Other Packages Related to chip-seq

• dep: chip-seq-data

  Værktøjer der udfører gængse ChIP-Seq-dataanalyseopgaver - data

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libmath-round-perl

  Perludvidelse for afrunding af tal

Download chip-seq

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	98.7 kB	496.0 kB	[list of files]
arm64	97.5 kB	456.0 kB	[list of files]
armel	91.2 kB	418.0 kB	[list of files]
armhf	90.3 kB	358.0 kB	[list of files]
i386	98.1 kB	510.0 kB	[list of files]
mips64el	99.7 kB	492.0 kB	[list of files]
mipsel	94.5 kB	441.0 kB	[list of files]
ppc64el	104.5 kB	1,040.0 kB	[list of files]
s390x	93.0 kB	467.0 kB	[list of files]