Package: bwa (0.7.17-6 and others)

[ Source: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er en programpakke, for oversættelse af lavafvigende sekvenser mod en stor referencearvemasse, såsom den menneskelige arvemasse. Den består af tre algoritmer: BWA-backtrack, BWA-SW og BWA-MEM. Den første algoritme er designet for Illunina-sekvenslæsninger op til 100 bp, mens de sidste to er for længere sekvenser fra 70 bp til 1 Mbp. BWA-MEM og BWA-SW deler funktioner såsom understøttelse af long-read og opdelingssammenligning, men BWA-MEM, som er den seneste, anbefales generelt for højkvalitets forespørgsler, da den er hurtigere og mere præcis. BWA-MEM har også bedre ydelse end BWA-backtrack for 70-100 bp Illumina-læsninger.

Tags: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Other Packages Related to bwa

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download bwa

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.7.17-6+b1	206.7 kB	452.0 kB	[list of files]
arm64	0.7.17-6+b1	193.2 kB	424.0 kB	[list of files]
armel	0.7.17-6+b1	192.4 kB	439.0 kB	[list of files]
armhf	0.7.17-6+b1	192.6 kB	327.0 kB	[list of files]
i386	0.7.17-6+b1	235.3 kB	531.0 kB	[list of files]
mips64el	0.7.17-6+b1	205.5 kB	511.0 kB	[list of files]
mipsel	0.7.17-6+b1	233.1 kB	549.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.7.17-6+b1	224.3 kB	580.0 kB	[list of files]
s390x	0.7.17-6+b1	193.8 kB	476.0 kB	[list of files]