Package: libtfbs-perl (0.7.1-3 and others)

[ Source: libtfbs-perl  ]

Skanning af en DNA-sekvens med en positionsvægtet matrix

Perlmodulet TFBS betår af et sæt af rutiner til interaktion med Transfac- og Jaspar-databaser, der beskriver en speciel proteinfamilie, transkriptionsfaktorerne. Disse binder sig til genom-DNA for at igangsætte (eller forhindre) udlæsningen af et gen. Når flere bindingssteder er kendt for en transkriptionsfaktor, så samles disse i en enkelt fil og sammenlignes for at finde for positionen specifikke karakteristika, der kan bruges til at forudse sådanne bindingshændelser i nye DNA-sekvenser.

Hvis du bruger TFBS i dit arbejde, så citer venligst »Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136«.

Bemærk: Perlmodulet TFBS er ikke længere under aktiv udvikling. Al funktionalitet kan findes i pakken TFBSTools Bioconductor; brugere anbefales at skifte. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Development Library, Program

Other Packages Related to libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• dep: libwww-perl

  simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• dep: pdl (>= 1:2.021-2+b1)

  Perl-datasprog: Perludvidelser for numeriske tal

• dep: pdlapi-12

  virtual package provided by pdl

• dep: perl (>= 5.32.0-4)

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: perlapi-5.32.0

  virtual package provided by perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

Download libtfbs-perl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	0.7.1-3+b2	229.3 kB	1,037.0 kB	[list of files]