Package: pilon (1.23+dfsg-2)

[ Source: pilon  ]

Automatiseret værktøj til forbedring af genomsamling og variantregistrering

Pilon er et programværktøj, der kan bruges til at:

 * Automatisk forbedre udkastsamlinger
 * Finde variation mellem stammer, herunder registrering af store
   hændelser

Pilon kræver som data en FASTA-fil af genomet sammen med en eller flere BAM-læsningsfiler sammenlignet med FASTA-datafilen. Pilon bruger læsningssammenligningsanalyse til at identificere uoverensstemmelser mellem genomet og beviserne i læsningerne. Den forsøger derefter at forbedre genomet, herunder:

 * Forskelle mellem enkeltbaser
 * Små indels
 * Større indel- eller bloksubstitutionshændelser
 * Udfyldning af huller
 * Identifikation af lokale fejlsamlinger, herunder valgfri åbning af
   nye huller

Other Packages Related to pilon

• dep: default-jre

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid

  or java-runtime

  virtual package provided by default-jre

• dep: java-wrappers

  Omslag for kørbare filer for java

• dep: libcommons-lang-java

  Commons Lang - en udvidelse af pakken java.lang

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for høj-gennemløbs sekventeringsdata (HTS) - formater

• dep: scala-library

  Scala-standardbibliotek

Download pilon

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	487.9 kB	613.0 kB	[list of files]