Package: dotter (4.44.1+dfsg-6 and others)

[ Source: seqtools  ]

Detaljeret sammenligning af to genomsekvenser

Dotter er et grafisk punkt-matrix program til detaljeret sammenligning af to sekvenser.

 * Alle rester i en sekvens sammenlignes med alle rester i den anden
   sekvens og en matrix med bedømmelser beregnes
 * En sekvens plottes på x-aksen og den anden på y-aksen
 * Støj filtreres ud så at sammenligninger fremstår som diagonale linjer
 * Parvis bedømmelse udlignes over et glidende vindue for at gøre
   bedømmelsesmatrixen mere forståelig
 * Den gennemsnitlige bedømmelsesmatrix former et tredimensionelt
   landskab, med de to sekvenser i to dimensioner og højden på
   spidserne i den tredje. Dette landskab projekteres til to
   dimensioner via et billede i grå skala - jo mørkere grå på en
   spids, jo højere er bedømmelsen
 * Kontrasten og tærsklen for det gråskalerede billede kan justeres
   interaktivt, uden at skulle regne bedømmelsesmatrixen om
 * Et sammenligningsværktøj tilbydes til at undersøge
   sekvenssammenligninger som grå-skala-billedet repræsenterer
 * Kendte højt-scorende par kan indlæses fra en GFF-fil og lægges over
   plottet.
 * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the
   relevant axis.
 * Sammenlign en sekvens mod sig selv for at finde interne gentagelser
 * Find overlap mellem flere sekvenser ved at udføre et punkt-plot for
   alle sekvenser mod dem selv
 * Kør Dotter i jobtilstand for at oprette store, tidsforbrugende
   punkt-plot som en baggrundsproces

Tags: Interface Toolkit: GTK

Other Packages Related to dotter

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (OpenSSL-variant)

• dep: libgbtools0 (>= 4.44.1+dfsg)

  Bibliotek til at visualisere sekvenssammenligninger

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.22.0)

  GLib-bibliotek for C-rutiner

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.12.0)

  Grafisk brugergrænsefladebibliotek til GTK - ældre version

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download dotter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.44.1+dfsg-6+b1	598.9 kB	813.0 kB	[list of files]
arm64	4.44.1+dfsg-6+b1	585.6 kB	801.0 kB	[list of files]
armel	4.44.1+dfsg-6+b1	577.8 kB	759.0 kB	[list of files]
armhf	4.44.1+dfsg-6+b1	579.4 kB	699.0 kB	[list of files]
i386	4.44.1+dfsg-6+b1	606.6 kB	851.0 kB	[list of files]
mips64el	4.44.1+dfsg-6+b1	598.8 kB	901.0 kB	[list of files]
mipsel	4.44.1+dfsg-6+b1	600.3 kB	872.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.44.1+dfsg-6+b1	604.0 kB	901.0 kB	[list of files]
s390x	4.44.1+dfsg-6+b1	587.7 kB	829.0 kB	[list of files]