Package: python3-gfapy (1.1.0+dfsg-1 and others)

[ Source: gfapy  ]

Fleksibelt og udvideligt programbibliotek til at håndtere sekvensgrafer

Graphical Fragment Assembly (GFA) er formater til at repræsentere sekvensgrafer, inklusive samlings-, variations- og opdelte grafer. To versioner af GFA er blevet defineret (GFA1 og GFA2) og flere sekvensanalyseprogrammer har adopteret formaterne som et udvekslingsformat, der gør, at brugeren nemt kan kombinere forskellige sekvensanalyseværktøjer.

Dette bibliotek implementerer GFA1- og GFA2-specifikationen. Det er muligt at oprette et Gfa-objekt fra en fil i GFA-formatet eller fra bunden af, for at optælle grafelementerne (segmenter, henvisninger, indeslutninger, stier og teksthovedlinjer), at gennemløbe grafen (ved at gennemløbe alle henvisninger gående ud fra eller gående ind til et segment), at søge efter elementer (f.eks. hvilke henvisninger forbinder to segmenter) og at manipulere grafen (f.eks. for at eliminere en henvisning eller et segment eller duplikere et segment, der distribuerer de læste antal lige på kopierne).

GFA-formater kan nemt udvides af brugeren ved at definere egne tilpassede mærker og elementtyper. I Gfapy er det nemt at skrive udvidelsesmoduler, der gør det muligt at definere egne elementtyper og datatyper for fortolkningen og valideringen af egne felter. Egne linjer kan forbindes, via referencer, til hinanden og til linjer for standardtyperne.

Other Packages Related to python3-gfapy

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download python3-gfapy

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armhf	1.1.0+dfsg-1+b1	74.1 kB	489.0 kB	[list of files]