Package: grinder (0.5.4-6)

[ Source: grinder  ]

Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator

Grinder er et alsidigt program til at skabe tilfældige shotgun og amplikon sekvensbiblioteker baseret på DNA, RNA eller proteinreferencesekvenser tilvejebragt i en FASTA-fil.

Grinder kan producere genomisk, metagenomisk, transkriptom, metatranscriptomic, proteomiske, metaproteomic shotgun og amplicon datasæt fra nuværende sekventeringsteknologier som Sanger, 454, Illumina. Disse simulerede datasæt kan bruges til at teste nøjagtigheden af bioinformatiske værktøjer under specifik hypotese, f.eks med eller uden sekventeringsfejl eller med lav eller høj samfundsmangfoldighed. Grinder kan også bruges til at hjælpe vælge mellem alternative sekventeringsmetoder til et sekvensbaseret projekt, f.eks skal biblioteket paired-end eller ej, hvor mange læsninger skal sekventeres.

Other Packages Related to grinder

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl - grundlæggende Perlmoduler

• dep: libgetopt-euclid-perl

  Kommandolinjegrænseflade dynamisk bygget fra dokumentationen

• dep: libmath-random-mt-perl

  Perl implementation of the Mersenne Twister algorithm

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download grinder

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	83.3 kB	251.0 kB	[list of files]