Package: chip-seq-data (1.5.5-3)

[ Source: chip-seq  ]

Værktøjer der udfører gængse ChIP-Seq-dataanalyseopgaver - data

ChIP-Seq-programmet tilbyder et sæt af værktøjer, der udfører gængse genom-brede ChIP-seq-analyseopgaver, inklusive positionskorrelationsanalyse, højderegistrering og genompartitionering til signalrige og signalfattige regioner. Disse værktøjer findes som enkeltstående C-programmer og udfører følgende opgaver:

 1. Positionskorrelationsanalyse og oprettelse af et aggregeringsplot
    (AP) (chipcor)
 2. Ekstraktion af specifikke genomkommenteringsfunktioner omkring
    referenceankerpunkter (chipextract)
 3. Læs centrering eller skift (chipcenter)
 4. Smalt højdekald ved hjælp af en fast bredde-højdestørrelse (chippeak)
 5. Bredt højdekald brugt til store berigelsesregioner (chippart)
 6. Funktion til valg af funktioner baseret på en tærskel for læst antal
    (chipscore)

Fordi ChIP-Seq-værktøjerne primært er optimeret til hastighed, bruger de deres eget kompakte format til ChIP-seq-datarepræsentation kaldet SGA (Forenklet genomkommentar). SGA er et linjeorienteret, tabulatorafgrænset almindeligt tekstformat.

Denne pakke indeholder databasefilerne leveret med chip-seq.

Download chip-seq-data

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,933.2 kB	20,237.0 kB	[list of files]