all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Source: fasta3  ]

Package: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1)

Links for fasta3

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package fasta3:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser

FASTA-programmerne finder regioner med lokal eller global lighed mellem protein- og DNA-sekvenser, enten ved at søge i protein- og DNA-databaser, eller ved at identificere lokale dubletter i en sekvens. Andre programmer tilbyder information om den statistiske signifikans for en sammenligning. Som BLAST kan FASTE bruges til at udlede funktionelle og evolutionære relationer mellem sekvenser samt som hjælp til at identificere medlemmer af gen-familier.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Lokal protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein med ikkeordnede peptider (fasts)
   - Protein-protein med blandede peptid-sekvenser (fastf)

 * Nukleotid
   - Nukleotid-Nukleotid (DNA/RNA fasta)
   - Ordnet Nukleotid vs Nukleotid (fastm)
   - Ikkeordnede Nukleotider vs Nukleotid (fasts)

 * Oversatte
   - Oversat DNA (med billedskift, f.e. EST'er)
     vs Proteiner (fastx/fasty)
   - Protein vs Oversat DNA (med billedskift)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptider vs Oversat DNA (tfasts)

 * Statistisk signifikans
   - Protein vs Protein-blanding (prss)
   - DNA vs DNA-blanding (prss)
   - Oversat DNA vs Protein-blanding (prfx)

 * Lokale dubletter
   - Lokale Protein-sammenligninger (lalign)
   - Plot Protein-sammenligning »dot-plot« (plalign)
   - Lokale DNA-sammenligninger (lalign)
   - Plot DNA-sammenligning »dot-plot« (plalign)

Dette program bruges ofte via en internettjeneste på EBI med indekserede referencedatabaser på http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Other Packages Related to fasta3

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download fasta3

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
ppc64el 884.6 kB8,238.0 kB [list of files]