всички настройки
buster  ] [  sid  ]
[ Източник: tracetuner  ]

Пакет: tracetuner (3.0.6~beta+dfsg-2)

Връзки за tracetuner


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник tracetuner.


Външни препратки:

Подобни пакети:

interpretation of DNA Sanger sequencing data

Tracetuner is a tool for base and quality calling of trace files from DNA sequencing instruments. Traditional DNA sequencing yields curves from four different channels or light frequencies that human or (preferably) machines are interpreting to determine the actual base (A,C,G or T) and the confidence with which this is determined.

TraceTuner is a DNA sequencing quality value, base calling and trace processing software application originally developed by Paracel, Inc. While providing a flexible interface and capability to adopt the "pure" base calls produced by Phred, KB or any other "original" caller, it offers competitive features not currently available in other tools, such as customized calibration of quality values, advanced heterozygote and mixed base calling and deconvolving the "mixed" electropherograms resulting from the presence of indels into a couple of "pure" electropherograms.

Later versions Previous versions of TraceTuner were used by Celera Genomics to process over 27 million reads from both Drosophila and human genome projects. In 2000, Applied Biosystems bundled TraceTuner with ABI3700 Genome Analyzers and shipped it to the customers of these capillary electrophoresis sequencers. its SNP detection and genotyping software product SeqScape.

TraceTuner implements an advanced peak processing technology for resolving overlapping peaks of the same dye color into individual, or "intrinsic" peaks. TraceTuner, for its support of mixed base calling, have been used by the research community, the private biotech sector, and the U.S. government as components of different variant detection, genotyping and forensic software applications (e.g. Applied Biosystems SeqScape, Paracel Genome Assembler, MTexpert, etc.).

This technology was protected by US Patent #6,681,186. Currently, TraceTuner is an open source software, which has been used by J. Craig Venter Institute's DNA Sequencing and Resequencing pipelines.

This package prepares an important piece of human history to be used with new data on new machines or to revisit older observations..

Други пакети, свързани с tracetuner

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на tracetuner

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 353,7 кБ1 825,0 кБ [списък на файловете]
amd64 339,7 кБ1 642,0 кБ [списък на файловете]
arm64 318,0 кБ1 518,0 кБ [списък на файловете]
armel 324,1 кБ1 575,0 кБ [списък на файловете]
armhf 303,9 кБ1 287,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 319,9 кБ1 555,0 кБ [списък на файловете]
i386 338,9 кБ1 723,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 331,9 кБ1 586,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 334,3 кБ1 679,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 303,9 кБ1 503,0 кБ [списък на файловете]
mips 323,7 кБ1 683,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 334,7 кБ1 807,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 328,9 кБ1 683,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 310,3 кБ1 879,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 353,6 кБ2 142,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 353,4 кБ2 142,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 327,1 кБ1 362,0 кБ [списък на файловете]
s390x 316,0 кБ1 658,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 348,4 кБ1 467,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 314,2 кБ1 629,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 335,2 кБ1 607,0 кБ [списък на файловете]