всички настройки
stretch-backports  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: tnseq-transit  ]

Пакет: tnseq-transit (2.3.4-1 и други)

Връзки за tnseq-transit

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник tnseq-transit.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

This is a software that can be used to analyze Tn-Seq datasets. It includes various statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions (including conditional essentiality between 2 conditions). These methods were developed and tested as a collaboration between the Sassetti lab (UMass) and the Ioerger lab (Texas A&M)

TRANSIT is capable of analyzing TnSeq libraries constructed with Himar1 or Tn5 datasets.

TRANSIT assumes you have already done pre-processing of raw sequencing files (.fastq) and extracted read counts into a .wig formatted file. The .wig file should contain the counts at all sites where an insertion could take place (including sites with no reads). For Himar1 datasets this is all TA sites in the genome. For Tn5 datasets this would be all nucleotides in the genome.

Други пакети, свързани с tnseq-transit

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на tnseq-transit

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]
amd64 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 2.3.2-1 5 916,9 кБ35 975,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 2.3.4-1 5 915,6 кБ35 976,0 кБ [списък на файловете]