всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: smalt  ]

Пакет: smalt (0.7.6-8 и други)

Връзки за smalt

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник smalt.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

Sequence Mapping and Alignment Tool

SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads.

The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences.

For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm.

The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words.

A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported.

Други пакети, свързани с smalt

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на smalt

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 0.7.6-8 117,6 кБ351,0 кБ [списък на файловете]
amd64 0.7.6-8 110,4 кБ297,0 кБ [списък на файловете]
arm64 0.7.6-8 101,3 кБ281,0 кБ [списък на файловете]
armel 0.7.6-8 95,4 кБ264,0 кБ [списък на файловете]
armhf 0.7.6-8 94,7 кБ192,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 0.7.6-8 108,6 кБ292,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 0.7.6-8 122,5 кБ328,0 кБ [списък на файловете]
i386 0.7.6-8 122,4 кБ336,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 0.7.6-8 110,5 кБ289,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 0.7.6-8 122,3 кБ328,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 0.7.6-4 86,2 кБ230,0 кБ [списък на файловете]
mips 0.7.6-8 111,2 кБ340,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 0.7.6-8 106,8 кБ343,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 0.7.6-8 112,7 кБ340,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 0.7.6-8 120,1 кБ470,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 0.7.6-8 122,0 кБ406,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 0.7.6-8 96,0 кБ206,0 кБ [списък на файловете]
s390x 0.7.6-8 102,9 кБ317,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 0.7.6-4 107,2 кБ254,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 0.7.6-8 90,4 кБ273,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 0.7.6-8 110,4 кБ296,0 кБ [списък на файловете]