всички настройки
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: sickle  ]

Пакет: sickle (1.33+git20150314.f3d6ae3-1)

Връзки за sickle

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник sickle.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality

Most modern sequencing technologies produce reads that have deteriorating quality towards the 3'-end. Incorrectly called bases here negatively impact assembles, mapping, and downstream bioinformatics analyses.

Sickle is a tool that uses sliding windows along with quality and length thresholds to determine when quality is sufficiently low to trim the 3'-end of reads. It will also discard reads based upon the length threshold. It takes the quality values and slides a window across them whose length is 0.1 times the length of the read. If this length is less than 1, then the window is set to be equal to the length of the read. Otherwise, the window slides along the quality values until the average quality in the window drops below the threshold. At that point the algorithm determines where in the window the drop occurs and cuts both the read and quality strings there. However, if the cut point is less than the minimum length threshold, then the read is discarded entirely.

Sickle supports four types of quality values: Illumina, Solexa, Phred, and Sanger. Note that the Solexa quality setting is an approximation (the actual conversion is a non-linear transformation). The end approximation is close.

Sickle also supports gzipped file inputs.

Други пакети, свързани с sickle

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на sickle

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 17,9 кБ53,0 кБ [списък на файловете]
amd64 18,1 кБ52,0 кБ [списък на файловете]
arm64 17,0 кБ48,0 кБ [списък на файловете]
armel 17,6 кБ47,0 кБ [списък на файловете]
armhf 16,2 кБ39,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 17,7 кБ44,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 18,7 кБ51,0 кБ [списък на файловете]
i386 18,8 кБ55,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 18,0 кБ48,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 18,7 кБ51,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 16,9 кБ51,0 кБ [списък на файловете]
mips 16,8 кБ48,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 17,3 кБ54,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 16,8 кБ48,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 17,1 кБ84,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 18,6 кБ85,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 20,3 кБ85,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 16,6 кБ45,0 кБ [списък на файловете]
s390x 16,9 кБ52,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 18,6 кБ43,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 16,6 кБ53,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 17,9 кБ51,0 кБ [списък на файловете]