всички настройки
buster  ] [  sid  ]
[ Източник: segemehl  ]

Пакет: segemehl (0.3.4-1)

Връзки за segemehl

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник segemehl.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

short read mapping with gaps

Segemehl is a software to map short sequencer reads to reference genomes. Segemehl implements a matching strategy based on enhanced suffix arrays (ESA). Segemehl accepts fasta and fastq queries (gzip’ed and bgzip'ed). In addition to the alignment of reads from standard DNA- and RNA-seq protocols, it also allows the mapping of bisulfite converted reads (Lister and Cokus) and implements a split read mapping strategy. The output of segemehl is a SAM or BAM formatted alignment file. In the case of split-read mapping, additional BED files are written to the disc. These BED files may be summarized with the postprocessing tool haarz. In the case of the alignment of bisulfite converted reads, raw methylation rates may also be called with haarz.

In brief, for each suffix of a read, segemehl aims to find the best-scoring seed. Seeds might contain insertions, deletions, and mismatches (differences). The number of differences allowed within a single seed is user-controlled and is crucial for the runtime of the program. Subsequently, seeds that undercut the user-defined E-value are passed on to an exact semi-global alignment procedure. Finally, reads with a minimum accuracy of percent are reported to the user.

Етикети: Interface Toolkit: Ncurses TUI

Други пакети, свързани с segemehl

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на segemehl

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 328,2 кБ1 673,0 кБ [списък на файловете]
amd64 307,7 кБ1 339,0 кБ [списък на файловете]
arm64 269,9 кБ1 227,0 кБ [списък на файловете]
armel 247,6 кБ1 161,0 кБ [списък на файловете]
armhf 246,5 кБ793,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 296,2 кБ1 301,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 324,2 кБ1 525,0 кБ [списък на файловете]
i386 323,4 кБ1 533,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 303,6 кБ1 331,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 323,2 кБ1 529,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 256,7 кБ1 173,0 кБ [списък на файловете]
mips 286,1 кБ1 509,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 282,3 кБ1 533,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 292,6 кБ1 509,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 260,1 кБ1 301,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 312,7 кБ1 815,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 322,9 кБ1 687,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 265,7 кБ861,0 кБ [списък на файловете]
s390x 271,1 кБ1 410,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 337,5 кБ1 097,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 243,7 кБ1 191,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 307,8 кБ1 313,0 кБ [списък на файловете]