Пакет: segemehl (0.3.4-5 и други)

Връзки за segemehl

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник segemehl.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [www.bioinf.uni-leipzig.de]

Подобни пакети:

short read mapping with gaps

Segemehl is a software to map short sequencer reads to reference genomes. Segemehl implements a matching strategy based on enhanced suffix arrays (ESA). Segemehl accepts fasta and fastq queries (gzip'ed and bgzip'ed). In addition to the alignment of reads from standard DNA- and RNA-seq protocols, it also allows the mapping of bisulfite converted reads (Lister and Cokus) and implements a split read mapping strategy. The output of segemehl is a SAM or BAM formatted alignment file. In the case of split-read mapping, additional BED files are written to the disc. These BED files may be summarized with the postprocessing tool haarz. In the case of the alignment of bisulfite converted reads, raw methylation rates may also be called with haarz.

In brief, for each suffix of a read, segemehl aims to find the best-scoring seed. Seeds might contain insertions, deletions, and mismatches (differences). The number of differences allowed within a single seed is user-controlled and is crucial for the runtime of the program. Subsequently, seeds that undercut the user-defined E-value are passed on to an exact semi-global alignment procedure. Finally, reads with a minimum accuracy of percent are reported to the user.

Етикети: Interface Toolkit: Ncurses TUI

Други пакети, свързани с segemehl

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6) [sparc64]

shared libraries for terminal handling
dep: libtinfo6 (>= 6) [sparc64]

shared low-level terminfo library for terminal handling
dep: zlib1g (>= 1:1.2.2.4)

compression library - runtime

Изтегляне на segemehl

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	294,4 кБ	1 569,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.3.4-5+b1	302,7 кБ	1 283,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.3.4-5+b1	268,0 кБ	1 311,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.3.4-5+b1	246,1 кБ	1 137,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.3.4-5+b1	242,0 кБ	777,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	280,4 кБ	1 221,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.3.4-5+b1	318,5 кБ	1 461,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	360,4 кБ	2 550,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	250,2 кБ	1 125,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.3.4-5+b1	274,3 кБ	1 520,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	313,5 кБ	1 823,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.3.4-5+b1	321,4 кБ	1 695,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.3.4-5+b2	305,2 кБ	1 011,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.3.4-5+b1	317,9 кБ	1 530,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	314,5 кБ	1 053,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	232,1 кБ	2 087,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.3.4-5+b1	308,2 кБ	1 285,0 кБ	[списък на файловете]