всички настройки
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: reapr  ]

Пакет: reapr (1.0.18+dfsg-4)

Връзки за reapr

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник reapr.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Етикети: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Други пакети, свързани с reapr

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на reapr

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 200,6 кБ1 137,0 кБ [списък на файловете]
amd64 198,5 кБ1 061,0 кБ [списък на файловете]
arm64 180,3 кБ925,0 кБ [списък на файловете]
armel 166,3 кБ803,0 кБ [списък на файловете]
armhf 167,6 кБ639,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 192,5 кБ993,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 183,3 кБ903,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 189,7 кБ1 134,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 188,7 кБ1 065,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 200,2 кБ1 605,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 189,0 кБ787,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 222,2 кБ903,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 195,8 кБ979,0 кБ [списък на файловете]