всички настройки
buster  ] [  sid  ]
[ Източник: pscan-chip  ]

Пакет: pscan-chip (1.1-2)

Връзки за pscan-chip


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник pscan-chip.


Външни препратки:

Подобни пакети:

ChIP-based identifcation of TF binding sites

Regulation of transcription is one of the main check points of gene expression regulation and plays a key role in fundamental processes like cellular differentiation and dynamic molecular responses to stimuli The transcriptional activity of genes is finely regulated by the interaction of sequence elements on the DNA (transcription factor binding sites or TFBSs) and particular proteins called Transcription Factors (TFs).

TFBSs are usually clustered in specific regulatory genomic regions called promoters and enhancers. TFs usually recognize TFBSs in a loose sequence specific fashion but there is no computational way to determine if any given sequence motif on the DNA is actually bound in-vivo by a TF, even when the motif is an istance of the sequences typically bound by the TF itself.

Tools like Pscan and PscanChIP analyse a set of regulatory sequences to detect motif enrichment. The rationale is that if a given TFBS is present in a "surpisingly high" number of istances then there is a good chance that the TF that recognize that motif is a common regulator of the input sequences, thus they use redundancy as an information source.

While Pscan (of the pscan-tfbs package) is tailored to work on promoters, that is the regulatory regions upstream of transcription start sites, PscanChIP is suited to work on more general regulatory genomic regions like the ones identified through ChIP-Seq experiments.

Други пакети, свързани с pscan-chip

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на pscan-chip

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 85,5 кБ193,0 кБ [списък на файловете]
amd64 80,8 кБ180,0 кБ [списък на файловете]
arm64 76,7 кБ160,0 кБ [списък на файловете]
armel 75,6 кБ150,0 кБ [списък на файловете]
armhf 75,2 кБ130,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 83,3 кБ169,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 84,1 кБ170,0 кБ [списък на файловете]
i386 84,1 кБ186,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 80,7 кБ172,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 84,1 кБ170,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 80,1 кБ174,0 кБ [списък на файловете]
mips 81,6 кБ184,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 82,8 кБ199,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 82,3 кБ184,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 82,1 кБ246,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 83,6 кБ248,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 82,8 кБ248,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 79,6 кБ145,0 кБ [списък на файловете]
s390x 77,4 кБ172,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 90,4 кБ163,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 75,9 кБ172,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 80,7 кБ170,0 кБ [списък на файловете]