всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: prodigal  ]

Пакет: prodigal (1:2.6.3-4)

Връзки за prodigal


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник prodigal.


Външни препратки:

Подобни пакети:

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) is a microbial (bacterial and archaeal) gene finding program developed at Oak Ridge National Laboratory and the University of Tennessee. Key features of Prodigal include:

Speed: Prodigal is an extremely fast gene recognition tool (written in very vanilla C). It can analyze an entire microbial genome in 30 seconds or less.

Accuracy: Prodigal is a highly accurate gene finder. It correctly locates the 3' end of every gene in the experimentally verified Ecogene data set (except those containing introns). It possesses a very sophisticated ribosomal binding site scoring system that enables it to locate the translation initiation site with great accuracy (96% of the 5' ends in the Ecogene data set are located correctly).

Specificity: Prodigal's false positive rate compares favorably with other gene identification programs, and usually falls under 5%.

GC-Content Indifferent: Prodigal performs well even in high GC genomes, with over a 90% perfect match (5'+3') to the Pseudomonas aeruginosa curated annotations.

Metagenomic Version: Prodigal can run in metagenomic mode and analyze sequences even when the organism is unknown.

Ease of Use: Prodigal can be run in one step on a single genomic sequence or on a draft genome containing many sequences. It does not need to be supplied with any knowledge of the organism, as it learns all the properties it needs to on its own.

Други пакети, свързани с prodigal

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на prodigal

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 861,5 кБ11 481,0 кБ [списък на файловете]
amd64 678,3 кБ11 928,0 кБ [списък на файловете]
arm64 917,5 кБ11 312,0 кБ [списък на файловете]
armel 856,6 кБ12 368,0 кБ [списък на файловете]
armhf 750,9 кБ12 588,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 989,6 кБ12 473,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 724,9 кБ11 936,0 кБ [списък на файловете]
i386 724,0 кБ11 936,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 678,2 кБ11 928,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 722,9 кБ11 936,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 575,5 кБ12 112,0 кБ [списък на файловете]
mips 896,0 кБ11 517,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 875,2 кБ11 426,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 903,1 кБ11 517,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 1 645,3 кБ14 088,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 1 087,3 кБ12 937,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 1 124,7 кБ13 001,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 1 076,8 кБ11 737,0 кБ [списък на файловете]
s390x 539,8 кБ13 180,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 745,9 кБ13 432,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 1 205,7 кБ14 666,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 687,7 кБ12 060,0 кБ [списък на файловете]