всички настройки
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: pbdagcon  ]

Пакет: pbdagcon (0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 и други)

Връзки за pbdagcon

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник pbdagcon.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbdagcon is a tool that implements DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) which is a sequence consensus algorithm based on using directed acyclic graphs to encode multiple sequence alignment.

It uses the alignment information from blasr to align sequence reads to a "backbone" sequence. Based on the underlying alignment directed acyclic graph (DAG), it will be able to use the new information from the reads to find the discrepancies between the reads and the "backbone" sequences. A dynamic programming process is then applied to the DAG to find the optimum sequence of bases as the consensus. The new consensus can be used as a new backbone sequence to iteratively improve the consensus quality.

While the code is developed for processing PacBio(TM) raw sequence data, the algorithm can be used for general consensus purpose. Currently, it only takes FASTA input. For shorter read sequences, one might need to adjust the blasr alignment parameters to get the alignment string properly.

The code and the underlying graphical data structure have been used for some algorithm development prototyping including phasing reads and pre-assembly.

Други пакети, свързани с pbdagcon

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на pbdagcon

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 0.3+git20161121.0000000+ds-1 309,2 кБ1 297,0 кБ [списък на файловете]
amd64 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 305,7 кБ1 126,0 кБ [списък на файловете]
arm64 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 285,0 кБ1 078,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 249,4 кБ996,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 291,9 кБ1 456,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 269,4 кБ1 132,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 322,7 кБ1 390,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 287,1 кБ891,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1 298,3 кБ908,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 0~20160325+ds-1 188,4 кБ500,0 кБ [списък на файловете]