Пакет: minimap2 (2.27+dfsg-1 и други)

[ Източник: minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Други пакети, свързани с minimap2

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, m68k]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]

Изтегляне на minimap2

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.26+dfsg-1	404,5 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.27+dfsg-1	379,4 кБ	507,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.27+dfsg-1	370,6 кБ	511,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.27+dfsg-1	388,8 кБ	550,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.27+dfsg-1	389,8 кБ	482,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.24+dfsg-3+b2	409,8 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.27+dfsg-1	386,2 кБ	530,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 кБ	755,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.27+dfsg-1	387,3 кБ	558,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.27+dfsg-1	403,8 кБ	583,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.27+dfsg-1	409,7 кБ	639,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.27+dfsg-1	390,6 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.27+dfsg-1	410,4 кБ	519,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.27+dfsg-1	410,4 кБ	591,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.24+dfsg-3+b2	424,6 кБ	574,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.27+dfsg-1	392,5 кБ	1 345,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.24+dfsg-2+b1	374,5 кБ	493,0 кБ	[списък на файловете]