всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: mapsembler2  ]

Пакет: mapsembler2 (2.2.4+dfsg-3 и други)

Връзки за mapsembler2

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник mapsembler2.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

bioinformatics targeted assembly software

Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).

It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.

Mapsembler2 may be used for (not limited to):

 - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
   Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
 - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
 - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
 - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
 - Checks what happens at the extremities of a contig
 - Remove contaminants or symbiont reads from a read set

Други пакети, свързани с mapsembler2

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на mapsembler2

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 2.2.3+dfsg-1 241,2 кБ910,0 кБ [списък на файловете]
amd64 2.2.4+dfsg-3+b1 242,5 кБ787,0 кБ [списък на файловете]
arm64 2.2.4+dfsg-3+b1 223,8 кБ739,0 кБ [списък на файловете]
armel 2.2.4+dfsg-3+b1 202,0 кБ628,0 кБ [списък на файловете]
armhf 2.2.4+dfsg-3+b1 204,8 кБ484,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 2.2.3+dfsg-1 241,5 кБ803,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 2.2.4+dfsg-3 230,8 кБ659,0 кБ [списък на файловете]
i386 2.2.4+dfsg-3+b1 258,4 кБ780,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 2.2.4+dfsg-3+b1 216,1 кБ655,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 2.2.4+dfsg-3+b1 231,4 кБ660,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 2.1.6+dfsg-1 262,2 кБ453,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 2.2.3+dfsg-1 228,6 кБ928,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 2.2.4+dfsg-3+b1 259,5 кБ1 072,0 кБ [списък на файловете]
s390x 2.2.4+dfsg-3+b1 217,9 кБ803,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 2.1.6+dfsg-1 285,5 кБ469,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 2.1.6+dfsg-1 263,1 кБ458,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 2.2.3+dfsg-1 233,7 кБ706,0 кБ [списък на файловете]