всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: last-align  ]

Пакет: last-align (963-2)

Връзки за last-align

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник last-align.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Етикети: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Други пакети, свързани с last-align

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на last-align

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 734,1 кБ3 888,0 кБ [списък на файловете]
amd64 737,1 кБ3 543,0 кБ [списък на файловете]
arm64 634,1 кБ3 139,0 кБ [списък на файловете]
armel 580,1 кБ3 131,0 кБ [списък на файловете]
armhf 576,2 кБ2 443,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 641,1 кБ3 406,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 671,1 кБ3 647,0 кБ [списък на файловете]
i386 670,8 кБ3 655,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 736,9 кБ3 519,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 670,8 кБ3 639,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 613,7 кБ3 383,0 кБ [списък на файловете]
mips 620,5 кБ3 905,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 696,0 кБ3 971,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 627,9 кБ3 905,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 627,2 кБ3 826,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 708,9 кБ4 151,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 706,7 кБ4 023,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 690,8 кБ2 826,0 кБ [списък на файловете]
s390x 647,2 кБ3 491,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 738,2 кБ3 338,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 613,9 кБ3 338,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 653,6 кБ3 391,0 кБ [списък на файловете]