всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: gff2aplot  ]

Пакет: gff2aplot (2.0-11)

Връзки за gff2aplot

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник gff2aplot.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript

A program to visualize the alignment of two genomic sequences together with their annotations. From GFF-format input files it produces PostScript figures for that alignment. The following menu lists many features of gff2aplot:

 * Comprehensive alignment plots for any GFF-feature. Attributes are defined
   separately so you can modify only whatsoever attributes for a given file or
   share same customization across different data-sets.
 * All parameters are set by default within the program, but it can be also
   fully configured via gff2ps-like flexible customization files. Program can
   handle several of such files, summarizing all the settings before producing
   the corresponding figure. Moreover, all customization parameters can be set
   via command-line switches, which allows users to play with those parameters
   before adding any to a customization file.
 * Source order is taken from input files, if you swap file order you can
   visualize alignment and its annotation with the new input arrangement.
 * All alignment scores can be visualized in a PiP box below gff2aplot area,
   using grey-color scale, user-defined color scale or score-dependent
   gradients.
 * Scalable fonts, which can also be chosen among the basic PostScript default
   fonts. Feature and group labels can be rotated to improve readability in
   both annotation axes.
 * The program is still defined as a Unix filter so it can handle data from
   files, redirections and pipes, writing output to standard-output and
   warnings to standard error.
 * gff2aplot is able to manage many physical page formats (from A0 to A10, and
   more -see available page sizes in its manual-), including user-defined ones.
   This allows, for instance, the generation of poster size genomic maps, or
   the use of a continuous-paper supporting plotting device, either in portrait
   or landscape.
 * You can draw different alignments on same alignment plot and distinguish
   them by using different colors for each.
 * Shape dictionary has been expanded, so that further feature shapes are now
   available (see manual).
 * Annotation projections through alignment plots (so called ribbons) emulate
   transparencies via complementary color fill patterns. This feature allows
   one to show color pseudo-blending when horizontal and vertical ribbons
   overlap.

Етикети: Software Development: Perl Development, Библиотеки, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::devel-lib, role::program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion, use::viewing, works-with-format::plaintext, Supports Format: works-with-format::postscript, works-with::TODO, Works with: Image, works-with::image:vector, works-with::text

Други пакети, свързани с gff2aplot

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на gff2aplot

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 307,2 кБ648,0 кБ [списък на файловете]
amd64 307,5 кБ647,0 кБ [списък на файловете]
arm64 306,3 кБ639,0 кБ [списък на файловете]
armel 308,6 кБ643,0 кБ [списък на файловете]
armhf 307,0 кБ635,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 307,6 кБ639,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 306,9 кБ643,0 кБ [списък на файловете]
i386 307,1 кБ647,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 307,5 кБ643,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 307,0 кБ643,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 305,5 кБ647,0 кБ [списък на файловете]
mips 306,8 кБ644,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 306,9 кБ653,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 306,8 кБ644,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 306,0 кБ679,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 307,5 кБ680,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 307,9 кБ680,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 307,5 кБ640,0 кБ [списък на файловете]
s390x 305,9 кБ643,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 308,5 кБ639,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 306,9 кБ648,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 307,2 кБ643,0 кБ [списък на файловете]