всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: freecontact  ]

Пакет: freecontact (1.0.21-7 и други)

Връзки за freecontact


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник freecontact.


Външни препратки:

Подобни пакети:

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Други пакети, свързани с freecontact

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на freecontact

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 337,8 кБ1 891,0 кБ [списък на файловете]
amd64 1.0.21-7+b1 336,9 кБ1 618,0 кБ [списък на файловете]
arm64 1.0.21-7+b1 307,6 кБ1 590,0 кБ [списък на файловете]
armel 1.0.21-7+b1 284,7 кБ1 389,0 кБ [списък на файловете]
armhf 1.0.21-7+b1 289,3 кБ1 161,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 1.0.21-6+b1 317,4 кБ1 726,0 кБ [списък на файловете]
i386 1.0.21-7+b1 345,3 кБ1 665,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 1.0.21-7+b1 334,8 кБ1 614,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 1.0.21-7+b1 345,7 кБ1 661,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 336,5 кБ1 721,0 кБ [списък на файловете]
mips 1.0.21-7+b1 324,6 кБ2 121,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 1.0.21-7+b1 332,4 кБ2 299,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 1.0.21-7+b1 330,8 кБ2 121,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 315,8 кБ1 802,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 341,4 кБ2 250,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 1.0.21-7+b1 341,6 кБ1 994,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 320,8 кБ1 459,0 кБ [списък на файловете]
s390x 1.0.21-7+b1 303,6 кБ1 678,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 355,9 кБ1 658,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 1.0.21-7+b1 288,7 кБ1 615,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 1.0.21-7 337,6 кБ1 548,0 кБ [списък на файловете]