всички настройки
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: fasttree  ]

Пакет: fasttree (2.1.10-2)

Връзки за fasttree

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник fasttree.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Други пакети, свързани с fasttree

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на fasttree

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 171,3 кБ515,0 кБ [списък на файловете]
amd64 171,8 кБ469,0 кБ [списък на файловете]
arm64 163,6 кБ457,0 кБ [списък на файловете]
armel 168,6 кБ489,0 кБ [списък на файловете]
armhf 159,9 кБ373,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 165,1 кБ455,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 173,2 кБ493,0 кБ [списък на файловете]
i386 172,6 кБ501,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 171,1 кБ461,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 173,3 кБ493,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 159,1 кБ457,0 кБ [списък на файловете]
mips 167,1 кБ499,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 168,9 кБ519,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 169,3 кБ499,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 165,1 кБ505,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 177,0 кБ635,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 176,9 кБ635,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 163,5 кБ379,0 кБ [списък на файловете]
s390x 160,9 кБ477,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 182,0 кБ429,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 159,4 кБ477,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 170,1 кБ453,0 кБ [списък на файловете]