всички настройки
buster  ] [  sid  ]
[ Източник: clonalframeml  ]

Пакет: clonalframeml (1.11-2)

Връзки за clonalframeml


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник clonalframeml.


Външни препратки:

Подобни пакети:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Други пакети, свързани с clonalframeml

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на clonalframeml

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 91,3 кБ282,0 кБ [списък на файловете]
amd64 93,3 кБ249,0 кБ [списък на файловете]
arm64 79,3 кБ209,0 кБ [списък на файловете]
armel 78,8 кБ216,0 кБ [списък на файловете]
armhf 76,3 кБ156,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 89,0 кБ230,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 93,4 кБ248,0 кБ [списък на файловете]
i386 93,1 кБ252,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 93,2 кБ245,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 93,2 кБ248,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 84,7 кБ240,0 кБ [списък на файловете]
mips 85,7 кБ269,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 84,6 кБ267,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 87,4 кБ269,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 89,2 кБ272,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 90,5 кБ273,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 92,2 кБ273,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 86,3 кБ190,0 кБ [списък на файловете]
s390x 80,6 кБ241,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 115,2 кБ232,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 78,0 кБ228,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 92,7 кБ240,0 кБ [списък на файловете]