Пакет: chip-seq (1.5.5-3 и други)

[ Източник: chip-seq  ]

tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks

The ChIP-Seq software provides a set of tools performing common genome- wide ChIP- seq analysis tasks, including positional correlation analysis, peak detection, and genome partitioning into signal-rich and signal-poor regions. These tools exist as stand-alone C programs and perform the following tasks:

 1. Positional correlation analysis and generation of an aggregation
    plot (AP) (chipcor),
 2. Extraction of specific genome annotation features around reference
    anchor points (chipextract),
 3. Read centering or shifting (chipcenter),
 4. Narrow peak caller using a fixed width peak size (chippeak),
 5. Broad peak caller used for large regions of enrichment (chippart),
 6. Feature selection tool based on a read count threshold (chipscore).

Because the ChIP-Seq tools are primarily optimized for speed, they use their own compact format for ChIP-seq data representation called SGA (Simplified Genome Annotation). SGA is a line-oriented, tab-delimited plain text format.

Други пакети, свързани с chip-seq

• dep: chip-seq-data

  tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.30) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libmath-round-perl

  Perl extension for rounding numbers

Изтегляне на chip-seq

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.5.5-3	105,6 кБ	553,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.5.5-3	98,7 кБ	496,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.5.5-3	97,5 кБ	456,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.5.5-3	91,2 кБ	418,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.5.5-3	90,3 кБ	358,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.5.5-3	97,6 кБ	455,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.5.5-3	98,1 кБ	510,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.5.5-3	115,7 кБ	670,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.5.5-3	88,4 кБ	461,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.5.5-3	99,7 кБ	492,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.5.5-3	100,5 кБ	1 047,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.5.5-3	104,5 кБ	1 040,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.5.5-3+b1	102,4 кБ	417,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.5.5-3	93,0 кБ	467,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.5.5-3	104,5 кБ	385,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.5.5-3	87,7 кБ	496,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.5.5-3	96,2 кБ	466,0 кБ	[списък на файловете]