Пакет: canu (2.2+dfsg-5 и други)

[ Източник: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Други пакети, свързани с canu

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [не alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-qt, gnuplot-x11

  или gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [не alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [не alpha, m68k, sh4, sparc64]

  fast compression/decompression library

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  Пакетът не е наличен

Изтегляне на canu

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.0+dfsg-2	1 228,8 кБ	10 538,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.2+dfsg-5	1 379,8 кБ	13 027,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.2+dfsg-5	1 272,2 кБ	13 789,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.2+dfsg-5	1 553,6 кБ	23 779,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.0+dfsg-2	1 280,7 кБ	9 544,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.2+dfsg-5	1 566,0 кБ	17 652,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.2+dfsg-5	1 419,2 кБ	17 724,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1 410,8 кБ	16 873,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1 862,0 кБ	15 534,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.2+dfsg-5	1 340,9 кБ	13 853,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.0+dfsg-2	1 230,0 кБ	8 637,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.2+dfsg-5	1 507,0 кБ	50 253,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.2+dfsg-5	1 386,5 кБ	12 548,0 кБ	[списък на файловете]