всички настройки
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: augustus  ]

Пакет: augustus (3.3.2+dfsg-2)

Връзки за augustus

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник augustus.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Наука: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Други пакети, свързани с augustus

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на augustus

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 1 100,8 кБ5 627,0 кБ [списък на файловете]
amd64 1 134,7 кБ4 787,0 кБ [списък на файловете]
arm64 992,1 кБ4 349,0 кБ [списък на файловете]
armel 961,1 кБ4 331,0 кБ [списък на файловете]
armhf 952,2 кБ3 255,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 1 045,3 кБ4 686,0 кБ [списък на файловете]
hurd-i386 1 173,9 кБ4 999,0 кБ [списък на файловете]
i386 1 176,0 кБ5 047,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-amd64 1 122,2 кБ4 715,0 кБ [списък на файловете]
kfreebsd-i386 1 176,0 кБ4 991,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 1 055,6 кБ4 687,0 кБ [списък на файловете]
mips 1 011,9 кБ5 487,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 1 023,5 кБ5 893,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 1 033,2 кБ5 479,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 1 010,9 кБ5 258,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 1 075,7 кБ6 042,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 1 078,7 кБ5 721,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 1 089,0 кБ3 937,0 кБ [списък на файловете]
s390x 996,0 кБ4 841,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 1 243,6 кБ4 422,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 931,9 кБ4 753,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 1 138,9 кБ4 555,0 кБ [списък на файловете]