всички настройки
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Източник: kmer  ]

Пакет: atac (0~20150903+r2013-6)

Връзки за atac


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник kmer.


Външни препратки:

Подобни пакети:

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

Други пакети, свързани с atac

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на atac

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 424,3 кБ3 087,0 кБ [списък на файловете]
amd64 379,3 кБ2 763,0 кБ [списък на файловете]
arm64 362,8 кБ2 547,0 кБ [списък на файловете]
armel 359,2 кБ2 533,0 кБ [списък на файловете]
armhf 361,8 кБ2 145,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 478,4 кБ3 086,0 кБ [списък на файловете]
i386 403,4 кБ3 001,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 404,3 кБ2 913,0 кБ [списък на файловете]
mips 442,0 кБ3 139,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 401,9 кБ3 117,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 452,6 кБ3 139,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 418,4 кБ3 529,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 407,9 кБ3 868,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 429,0 кБ3 867,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 411,6 кБ2 461,0 кБ [списък на файловете]
s390x 348,2 кБ2 815,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 463,6 кБ2 693,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 335,0 кБ2 744,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 385,0 кБ2 717,0 кБ [списък на файловете]