Пакет: abyss (2.3.7-3 и други)

[ Източник: abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

Етикети: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program

Други пакети, свързани с abyss

• dep: bsdextrautils [не hppa, sparc64]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Transitional package for more utilities from FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Пакетът не е наличен

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 shared library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: make

  utility for directing compilation

• dep: openmpi-bin [не hppa]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [не hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Изтегляне на abyss

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.3.5+dfsg-2	3 091,4 кБ	12 135,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.3.7-3+b1	3 188,0 кБ	9 900,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.3.7-3+b1	2 960,1 кБ	10 548,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.1.0-1	2 719,4 кБ	9 671,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.3.5+dfsg-2	3 493,2 кБ	17 029,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.3.3-2	3 040,2 кБ	9 799,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.3.7-3+b1	3 074,6 кБ	12 772,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.3.7-3+b1	3 101,8 кБ	12 984,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.3.7-3+b1	3 123,3 кБ	12 532,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.3.7-3+b1	3 141,5 кБ	8 296,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.3.3-2	3 276,4 кБ	9 167,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.2.2-1	2 718,5 кБ	9 131,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.3.5+dfsg-2	3 104,9 кБ	8 946,0 кБ	[списък на файловете]