всички настройки
stretch-backports  ] [  buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Източник: minimap2  ]

Пакет: minimap2 (2.17+dfsg-1)

Връзки за minimap2

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник minimap2.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Други пакети, свързани с minimap2

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на minimap2

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
amd64 366,4 кБ500,0 кБ [списък на файловете]
arm64 349,1 кБ456,0 кБ [списък на файловете]
armhf 348,1 кБ411,0 кБ [списък на файловете]
i386 374,1 кБ527,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 364,8 кБ495,0 кБ [списък на файловете]