Пакет: bowtie (1.3.1-3 и други)

[ Източник: bowtie  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Наука: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Други пакети, свързани с bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Пакетът не е наличен

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Пакетът не е наличен

• dep: libstdc++6 [x32]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [не hppa, sh4, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [не hppa, sh4, x32]

  compression library - runtime

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Изтегляне на bowtie

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.3.1-3	1 333,8 кБ	8 673,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.3.1-3	1 588,9 кБ	6 845,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.3.1-3	1 218,5 кБ	6 481,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.0.0-6	894,0 кБ	3 548,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.3.1-3	1 050,6 кБ	8 129,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.3.1-3	1 328,0 кБ	8 145,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.3.1-3	1 370,8 кБ	7 889,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.3.1-3	1 510,0 кБ	5 365,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.3.1-3	1 530,6 кБ	6 969,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.0.0-6	860,1 кБ	3 077,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.3.1-3	1 149,4 кБ	14 721,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.0.1-2	878,8 кБ	3 264,0 кБ	[списък на файловете]