Пакет: sim4 (0.0.20121010-8)

[ Източник: sim4  ]

tool for aligning cDNA and genomic DNA

sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other).

sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Други пакети, свързани с sim4

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

Изтегляне на sim4

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	350,8 кБ	1 371,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	346,8 кБ	1 363,0 кБ	[списък на файловете]
armel	346,0 кБ	1 362,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	344,3 кБ	1 334,0 кБ	[списък на файловете]
i386	353,0 кБ	1 378,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	350,1 кБ	1 379,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	349,4 кБ	1 374,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	356,3 кБ	1 407,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	349,9 кБ	1 375,0 кБ	[списък на файловете]