Пакет: toppred (1.10-10)

[ Източник: toppred  ]

transmembrane topology prediction

Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.

Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.

Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png

The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.

This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm

Други пакети, свързани с toppred

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  GD Graphics Library

Изтегляне на toppred

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	43,4 кБ	213,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	41,6 кБ	228,0 кБ	[списък на файловете]
armel	42,8 кБ	228,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	40,4 кБ	228,0 кБ	[списък на файловете]
i386	44,2 кБ	212,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	42,9 кБ	232,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	42,7 кБ	230,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	45,7 кБ	229,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	41,4 кБ	208,0 кБ	[списък на файловете]