всички настройки
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Източник: bio-rainbow  ]

Пакет: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2)

Връзки за bio-rainbow

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник bio-rainbow.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Други пакети, свързани с bio-rainbow

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на bio-rainbow

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
amd64 58,8 кБ186,0 кБ [списък на файловете]
arm64 58,1 кБ178,0 кБ [списък на файловете]
armel 56,7 кБ179,0 кБ [списък на файловете]
armhf 56,0 кБ143,0 кБ [списък на файловете]
i386 63,9 кБ203,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 61,4 кБ209,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 59,9 кБ202,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 65,6 кБ306,0 кБ [списък на файловете]
s390x 55,9 кБ194,0 кБ [списък на файловете]