Пакет: samtools (1.16.1-1)

[ Източник: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Други пакети, свързани с samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.16)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Изтегляне на samtools

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	592,4 кБ	1 304,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	566,4 кБ	1 580,0 кБ	[списък на файловете]
armel	558,8 кБ	1 573,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	561,4 кБ	1 445,0 кБ	[списък на файловете]
i386	622,1 кБ	1 417,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	572,9 кБ	1 729,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	581,2 кБ	1 659,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	614,7 кБ	1 836,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	566,6 кБ	1 332,0 кБ	[списък на файловете]