всички настройки
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Източник: bamtools  ]

Пакет: bamtools (2.5.2+dfsg-4)

Връзки за bamtools

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник bamtools.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

BamTools facilitates research analysis and data management using BAM files. It copes with the enormous amount of data produced by current sequencing technologies that is typically stored in compressed, binary formats that are not easily handled by the text-based parsers commonly used in bioinformatics research.

BamTools provides both a C++ API for BAM file support as well as a command-line toolkit.

This is the bamtools command-line toolkit.

Available bamtools commands:

 convert  Converts between BAM and a number of other formats
 count    Prints number of alignments in BAM file(s)
 coverage Prints coverage statistics from the input BAM file
 filter   Filters BAM file(s) by user-specified criteria
 header   Prints BAM header information
 index    Generates index for BAM file
 merge    Merge multiple BAM files into single file
 random   Select random alignments from existing BAM file(s), intended more
          as a testing tool.
 resolve  Resolves paired-end reads (marking the IsProperPair flag as needed)
 revert   Removes duplicate marks and restores original base qualities
 sort     Sorts the BAM file according to some criteria
 split    Splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM
          output file for each value found
 stats    Prints some basic statistics from input BAM file(s)

Етикети: Implemented in: C++, Role: Program

Други пакети, свързани с bamtools

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на bamtools

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
amd64 188,4 кБ630,0 кБ [списък на файловете]
arm64 164,2 кБ598,0 кБ [списък на файловете]
armel 160,9 кБ597,0 кБ [списък на файловете]
armhf 168,7 кБ469,0 кБ [списък на файловете]
i386 202,3 кБ697,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 155,8 кБ754,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 161,4 кБ744,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 187,5 кБ790,0 кБ [списък на файловете]
s390x 163,1 кБ646,0 кБ [списък на файловете]