[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: sim4  ]

Пакунок: sim4 (0.0.20030921-3)

tool for aligning cDNA and genomic DNA

sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other).

sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Інші пакунки пов'язані з sim4

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb

Завантажити sim4

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 59.0 kB164 kB [список файлів]
amd64 53.4 kB144 kB [список файлів]
arm 49.3 kB132 kB [список файлів]
armel 52.8 kB140 kB [список файлів]
hppa 53.9 kB140 kB [список файлів]
hurd-i386 47.8 kB132 kB [список файлів]
i386 48.8 kB132 kB [список файлів]
ia64 75.8 kB220 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 53.3 kB118 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 47.7 kB106 kB [список файлів]
m68k 42.4 kB124 kB [список файлів]
mips 55.2 kB160 kB [список файлів]
mipsel 55.9 kB164 kB [список файлів]
powerpc 53.5 kB144 kB [список файлів]
s390 51.4 kB140 kB [список файлів]
sparc 49.2 kB136 kB [список файлів]