[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: sigma-align  ]

Пакунок: sigma-align (1.1.1-3)

Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences

Sigma ("Simple greedy multiple alignment") is an alignment program with a new algorithm and scoring scheme designed specifically for non-coding DNA sequence. It uses a strategy of seeking the best possible gapless local alignments, at each step making the best possible alignment consistent with existing alignments, and scores the significance of the alignment based on the lengths of the aligned fragments and a background model which may be supplied or estimated from an auxiliary file of intergenic DNA.

Sigma has been published in BMC Bioinformatics. 2006 Mar 16;7:143.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Supports Format: Plain Text

Інші пакунки пов'язані з sigma-align

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)
    The GLib library of C routines

Завантажити sigma-align

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 24.6 kB112 kB [список файлів]
amd64 22.7 kB108 kB [список файлів]
arm 21.3 kB100 kB [список файлів]
armel 23.8 kB108 kB [список файлів]
hppa 23.7 kB108 kB [список файлів]
hurd-i386 20.9 kB100 kB [список файлів]
i386 21.0 kB100 kB [список файлів]
ia64 30.3 kB136 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 22.7 kB72 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 20.9 kB66 kB [список файлів]
m68k 20.4 kB100 kB [список файлів]
mips 23.4 kB112 kB [список файлів]
mipsel 23.7 kB112 kB [список файлів]
powerpc 25.1 kB112 kB [список файлів]
s390 22.3 kB104 kB [список файлів]
sparc 21.3 kB104 kB [список файлів]