[  sarge  ] [  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: epcr  ]

Пакунок: ncbi-epcr (2.3.10-1 and others)

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontigous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

Tags: Field: Biology, Role: Program, Scope: Utility

Інші пакунки пов'язані з ncbi-epcr

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.3.5-1) [hurd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-12) [hurd-i386]
    Допоміжна бібліотека GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [alpha, amd64, i386, ia64]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1-4) [mips, mipsel, powerpc, s390, sparc]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1-1) [m68k]
    Допоміжна бібліотека GCC
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-21) [hppa]
    Допоміжна бібліотека GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.1-12) [hurd-i386]
    Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [not armel, hurd-i386, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    A library to determine the call-chain of a program - runtime
  • rec: bioperl
    Perl tools for computational molecular biology
  • rec: ncbi-epcr-data
    Пакунок недоступний
  • sug: bioperl
    Perl tools for computational molecular biology

Завантажити ncbi-epcr

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Версія Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 2.3.10-1 211.0 kB640 kB [список файлів]
amd64 2.3.10-1 195.2 kB520 kB [список файлів]
arm 2.3.10-1 219.1 kB548 kB [список файлів]
armel 2.3.10-1 183.8 kB472 kB [список файлів]
hppa 2.3.10-1 231.9 kB584 kB [список файлів]
hurd-i386 1.2.0-3 14.4 kB76 kB [список файлів]
i386 2.3.10-1 188.5 kB476 kB [список файлів]
ia64 2.3.10-1 268.8 kB892 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 2.3.10-1 196.4 kB464 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 2.3.10-1 191.8 kB432 kB [список файлів]
m68k 2.3.10-1 177.9 kB484 kB [список файлів]
mips 2.3.10-1 209.7 kB692 kB [список файлів]
mipsel 2.3.10-1 209.8 kB692 kB [список файлів]
powerpc 2.3.10-1 204.6 kB544 kB [список файлів]
s390 2.3.10-1 192.1 kB504 kB [список файлів]
sparc 2.3.10-1 196.9 kB528 kB [список файлів]