[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: kalign  ]

Пакунок: kalign (2.03-2)

Global and progressive multiple sequence alignment

Kalign is a command line tool to perform multiple alignment of biological sequences. It employs the Wu-Manber string-matching algorithm, to improve both the accuracy and speed of the alignment. It uses global, progressive alignment approach, enriched by employing an approximate string-matching algorithm to calculate sequence distances and by incorporating local matches into the otherwise global alignment. In comparisons made by its authors, Kalign was about 10 times faster than ClustalW and, depending on the alignment size, up to 50 times faster than popular iterative methods. It has been published in Lassmann and Sonnhammer, BMC Bioinformatics 2005, 6:298.

Tags: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Інші пакунки пов'язані з kalign

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb

Завантажити kalign

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 86.2 kB260 kB [список файлів]
amd64 77.4 kB216 kB [список файлів]
arm 72.1 kB204 kB [список файлів]
armel 100.1 kB256 kB [список файлів]
hppa 80.3 kB220 kB [список файлів]
hurd-i386 69.5 kB200 kB [список файлів]
i386 70.4 kB204 kB [список файлів]
ia64 127.5 kB420 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 77.3 kB186 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 69.5 kB170 kB [список файлів]
m68k 68.8 kB224 kB [список файлів]
mips 88.2 kB280 kB [список файлів]
mipsel 80.1 kB260 kB [список файлів]
powerpc 78.1 kB228 kB [список файлів]
s390 76.7 kB216 kB [список файлів]
sparc 68.2 kB208 kB [список файлів]