[  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: exonerate  ]

Пакунок: exonerate (2.0.0-1 and others)

generic tool for pairwise sequence comparison

Exonerate allows you to align sequences using a many alignment models, using either exhaustive dynamic programming, or a variety of heuristics. Much of the functionality of the Wise dynamic programming suite was reimplemented in C for better efficiency. Exonerate is an intrinsic component of the building of the Ensembl genome databases, providing similarity scores between RNA and DNA sequences and thus determining splice variants and coding sequences in general.

An In-silico PCR Experiment Simulation System (see the ipcress man page) is packaged with exonerate.

This package also comes with a selection of utilities for performing simple manipulations quickly on fasta files beyond 2Gb

Інші пакунки пов'язані з exonerate

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.6.1-1) [hurd-i386]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.6.1-1) [arm]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, arm, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.6.1-1) [alpha]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [armel]
    Допоміжна бібліотека GCC
  • dep: libglib1.2ldbl (>= 1.2.10-18) [alpha, arm, hurd-i386, m68k]
    The GLib library of C routines
  • dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0) [not alpha, arm, hurd-i386, m68k]
    The GLib library of C routines
  • sug: wise
    comparison of biopolymers, commonly DNA and protein sequences

Завантажити exonerate

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Версія Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 1.4.0-1 3,023.8 kB8788 kB [список файлів]
amd64 2.0.0-1 3,250.0 kB9172 kB [список файлів]
arm 1.4.0-1 2,948.6 kB8032 kB [список файлів]
armel 2.0.0-1 3,516.6 kB9268 kB [список файлів]
hppa 2.0.0-1 3,301.5 kB8692 kB [список файлів]
hurd-i386 1.4.0-1 2,484.2 kB7532 kB [список файлів]
i386 2.0.0-1 3,086.5 kB8656 kB [список файлів]
ia64 2.0.0-1 4,917.0 kB21040 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 2.0.0-1 3,249.3 kB9028 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 2.0.0-1 2,890.9 kB8682 kB [список файлів]
m68k 1.4.0-1 1,948.1 kB6448 kB [список файлів]
mips 2.0.0-1 3,452.4 kB10828 kB [список файлів]
mipsel 2.0.0-1 3,452.6 kB10828 kB [список файлів]
powerpc 2.0.0-1 3,123.8 kB9024 kB [список файлів]
s390 2.0.0-1 3,366.4 kB8908 kB [список файлів]
sparc 2.0.0-1 2,975.0 kB8736 kB [список файлів]