[  sarge  ] [  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: clustalw  ]

Пакунок: clustalw (2.0.9-1 and others) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

For details and citation purposes see paper "Clustal W and Clustal X version 2.0", Larkin M., et al. Bioinformatics 2007 23(21):2947-2948

Tags: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Bioinformatics, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Text-based Interactive, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Інші пакунки пов'язані з clustalw

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc6 (>= 2.3.1-1) [m68k]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, ia64, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [not arm, hppa, m68k]
    Допоміжна бібліотека GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    Допоміжна бібліотека GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [not m68k]
    Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    A library to determine the call-chain of a program - runtime
  • sug: clustalx
    GUI for Clustal W
  • sug: seaview
    Multiple sequence alignment editor

Завантажити clustalw

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Версія Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha 2.0.9-1 345.6 kB1036 kB [список файлів]
amd64 2.0.9-1 320.2 kB852 kB [список файлів]
arm 2.0.9-1 367.2 kB904 kB [список файлів]
hppa 2.0.9-1 357.8 kB864 kB [список файлів]
i386 2.0.9-1 306.4 kB824 kB [список файлів]
ia64 2.0.9-1 446.0 kB1476 kB [список файлів]
m68k 1.83-1 147.2 kB364 kB [список файлів]
mips 2.0.9-1 322.4 kB1080 kB [список файлів]
mipsel 2.0.9-1 321.8 kB1080 kB [список файлів]
powerpc 2.0.9-1 327.6 kB856 kB [список файлів]
s390 2.0.9-1 303.9 kB804 kB [список файлів]
sparc 2.0.9-1 339.9 kB920 kB [список файлів]