Пакунок: pizzly (0.37.3+ds-9)

[ Source: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Інші пакунки пов'язані з pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Завантажити pizzly

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	285.5 kB	864.0 kB	[список файлів]
arm64	248.9 kB	864.0 kB	[список файлів]
mips64el	246.3 kB	962.0 kB	[список файлів]
ppc64el	285.1 kB	992.0 kB	[список файлів]
s390x	249.8 kB	876.0 kB	[список файлів]