[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Källkod: sibsim4  ]

Paket: sibsim4 (0.17-1)

align expressed RNA sequences on a DNA template

The SIBsim4 project is based on sim4, which is a program designed to align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns. SIBsim4 is a fairly extensive rewrite of the original code with the following goals: 

 * speed improvement;
 * allow large, chromosome scale, DNA sequences to be used;
 * provide more detailed output about splice types;
 * provide more detailed output about polyA sites;
 * misc code cleanups and fixes.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Andra paket besläktade med sibsim4

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ej alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

Hämta sibsim4

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha 37,2 kbyte116 kbyte [filförteckning]
amd64 32,0 kbyte104 kbyte [filförteckning]
armel 32,9 kbyte104 kbyte [filförteckning]
avr32 (inofficiell anpassning) 34,0 kbyte92 kbyte [filförteckning]
hppa 33,6 kbyte104 kbyte [filförteckning]
hurd-i386 29,9 kbyte96 kbyte [filförteckning]
i386 30,4 kbyte96 kbyte [filförteckning]
ia64 47,3 kbyte152 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-amd64 33,2 kbyte80 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-i386 31,3 kbyte72 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 27,6 kbyte92 kbyte [filförteckning]
mips 34,2 kbyte112 kbyte [filförteckning]
mipsel 34,2 kbyte112 kbyte [filförteckning]
powerpc 33,9 kbyte108 kbyte [filförteckning]
s390 33,7 kbyte104 kbyte [filförteckning]
sparc 31,2 kbyte104 kbyte [filförteckning]