[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Källkod: dialign-t  ]

Paket: dialign-tx (1.0.2-1)

Segment-based multiple sequence alignment

DIALIGN-TX is a command line tool to perform multiple alignment of protein or DNA sequences. It is a complete reimplementation of the segment-base approach including several new improvements and heuristics that significantly enhance the quality of the output alignments compared to DIALIGN 2.2 and DIALIGN-T. For pairwise alignment, DIALIGN-TX uses a fragment-chaining algorithm that favours chains of low-scoring local alignments over isolated high-scoring fragments. For multiple alignment, DIALIGN-TX uses an improved greedy procedure that is less sensitive to spurious local sequence similarities.

DIALIGN-TX has been published in Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Andra paket besläktade med dialign-tx

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ej alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

Hämta dialign-tx

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha 65,0 kbyte192 kbyte [filförteckning]
amd64 56,4 kbyte164 kbyte [filförteckning]
armel 57,7 kbyte160 kbyte [filförteckning]
avr32 (inofficiell anpassning) 61,5 kbyte160 kbyte [filförteckning]
hppa 59,2 kbyte156 kbyte [filförteckning]
hurd-i386 50,8 kbyte152 kbyte [filförteckning]
i386 51,4 kbyte152 kbyte [filförteckning]
ia64 82,7 kbyte288 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-amd64 56,4 kbyte134 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-i386 51,3 kbyte122 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 44,2 kbyte148 kbyte [filförteckning]
mips 57,5 kbyte184 kbyte [filförteckning]
mipsel 57,7 kbyte184 kbyte [filförteckning]
powerpc 59,3 kbyte164 kbyte [filförteckning]
s390 55,3 kbyte156 kbyte [filförteckning]
sparc 55,5 kbyte164 kbyte [filförteckning]