Paket: molphy (2.3b3-5) [non-free]

[ Källkod: molphy  ]

Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language)

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing

Andra paket besläktade med molphy

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [ej alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Walls "Practical Extraction and Report Language"

• sug: phylip

  [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

Hämta molphy

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha	298,1 kbyte	960,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	276,1 kbyte	876,0 kbyte	[filförteckning]
arm	267,0 kbyte	832,0 kbyte	[filförteckning]
armel	307,2 kbyte	912,0 kbyte	[filförteckning]
hppa	291,2 kbyte	872,0 kbyte	[filförteckning]
i386	236,0 kbyte	816,0 kbyte	[filförteckning]
ia64	410,4 kbyte	1.432,0 kbyte	[filförteckning]
mips	310,4 kbyte	1.024,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	311,2 kbyte	984,0 kbyte	[filförteckning]
powerpc	299,7 kbyte	908,0 kbyte	[filförteckning]
s390	268,2 kbyte	856,0 kbyte	[filförteckning]
sparc	268,5 kbyte	840,0 kbyte	[filförteckning]