Paket: kalign (2.03-2)

[ Källkod: kalign  ]

Global and progressive multiple sequence alignment

Kalign is a command line tool to perform multiple alignment of biological sequences. It employs the Wu-Manber string-matching algorithm, to improve both the accuracy and speed of the alignment. It uses global, progressive alignment approach, enriched by employing an approximate string-matching algorithm to calculate sequence distances and by incorporating local matches into the otherwise global alignment. In comparisons made by its authors, Kalign was about 10 times faster than ClustalW and, depending on the alignment size, up to 50 times faster than popular iterative methods. It has been published in Lassmann and Sonnhammer, BMC Bioinformatics 2005, 6:298.

Märken: Biologi: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteiner, Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Andra paket besläktade med kalign

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [ej alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

Hämta kalign

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha	86,2 kbyte	260,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	77,4 kbyte	216,0 kbyte	[filförteckning]
arm	72,1 kbyte	204,0 kbyte	[filförteckning]
armel	100,1 kbyte	256,0 kbyte	[filförteckning]
hppa	80,3 kbyte	220,0 kbyte	[filförteckning]
i386	70,4 kbyte	204,0 kbyte	[filförteckning]
ia64	127,5 kbyte	420,0 kbyte	[filförteckning]
mips	88,2 kbyte	280,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	80,1 kbyte	260,0 kbyte	[filförteckning]
powerpc	78,1 kbyte	228,0 kbyte	[filförteckning]
s390	76,7 kbyte	216,0 kbyte	[filförteckning]
sparc	68,2 kbyte	208,0 kbyte	[filförteckning]